なんやかんやで一年ぐらい放置してましたが最近暇つぶしにドッキングシュミレーションに挑戦しているのでメモ代わりにその方法を書いておこうかと思います。
なおやり始めて一週間の素人なので詳しい方がいたらアドバイス等いただければ幸いです。
使ったソフトはAutodockで無料でダウンロード可能です。
無料なのに結構いろいろできます。しかもほとんどGUIで動きます。Windows10が普通に動くPCならそこまで重くないです。
基本的なやり方はこちらのページを参考にしました：
pymolの使い方は検索すればでてくるかと思います。
リガンドファイルの作製にはChemDrawを使いましたがChemdrawを使えない環境の方はprodrgで作ればいいんじゃないでしょうか。
で、上のページに書かれてない重要なポイントはリガンドファイル（pdbqt)の座標をタンパク質の結合部位付近にあらかじめ移動しておくという操作です。そうすることでドッキングの際のグリッドボックスを小さくできるのでそもそもリガンドがポケットに入ってさえいないという不毛な結果を見なくて済むというｗ。やり方は以下のページに書いてありますがもっとうまい方法があるのかもしれません。
Positioning ligands with ADT — AutoDock
autodockがこける場合はdlgファイルをワードパッド等で開けば”xxxというファイルが見つからない”とかある程度原因が推測できるログが残ってるので適宜対応してください。ドッキングに要する時間はリガンドの柔軟性、動かすアミノ酸残基の数、ドッキングのパラメーターに依存するようですがPCのスペックがクソでもそれなりに動きます。
学生時代にこれが使えればもっといろいろできたなあー
