2024-04-13

論文投稿料高すぎ問題

ながらく放置してましたが6年ぶりぐらいに更新してみます笑

　最近某出版社（非ハゲタカ）のジャーナルからレビュー論文執筆の依頼があったんですが、原稿を書いてから気がついたのが投稿料の問題。頼まれて書いたものを数十万払って投稿するのはさすがにおかしいだろ！ということで事務局に問い合わせたのですが、waiverが適用されるとかなんとかで投稿料はかからなそうな雰囲気。ただ何も言わなかったら普通にお金を取られてたような気もするので、わからなければまず問い合わせるべきですね。

　こんなこともあっていろんなバイオ系ジャーナルの投稿料を一通り調べたのですが、ほとんどフルオープンアクセス化しておりまた円安で大変な状況です：

Cell $10400

Nature $12290 (gold open access)

Nature communication $6790

EMBO $6540

Genes $ Development $5200

FEBS J $4810

JBC ～$2800

Plos one ～$2290

当初は高いといわれてたPlos oneが今では最安値レベル！

JBCは良心的なので頑張ってほしいですね。

ちなみにFEBSはまだフルオープンアクセスにしない選択肢もあるので、

その場合投稿料はかからないっぽいです。今後変わりそうですが。。。

2018-01-03

ドッキングシュミレーション

なんやかんやで一年ぐらい放置してましたが最近暇つぶしにドッキングシュミレーションに挑戦しているのでメモ代わりにその方法を書いておこうかと思います。

なおやり始めて一週間の素人なので詳しい方がいたらアドバイス等いただければ幸いです。

使ったソフトはAutodockで無料でダウンロード可能です。

無料なのに結構いろいろできます。しかもほとんどGUIで動きます。Windows10が普通に動くPCならそこまで重くないです。

基本的なやり方はこちらのページを参考にしました：

http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/chem/IMCB-8ken-HP/Lab_Manuals/entori/2011/3/11_Dockingmanyuaru_%28AutoDock%29_files/Autodock%20manual.pdf

pymolの使い方は検索すればでてくるかと思います。

リガンドファイルの作製にはChemDrawを使いましたがChemdrawを使えない環境の方はprodrgで作ればいいんじゃないでしょうか。

で、上のページに書かれてない重要なポイントはリガンドファイル（pdbqt)の座標をタンパク質の結合部位付近にあらかじめ移動しておくという操作です。そうすることでドッキングの際のグリッドボックスを小さくできるのでそもそもリガンドがポケットに入ってさえいないという不毛な結果を見なくて済むというｗ。やり方は以下のページに書いてありますがもっとうまい方法があるのかもしれません。

Positioning ligands with ADT — AutoDock

autodockがこける場合はdlgファイルをワードパッド等で開けば”xxxというファイルが見つからない”とかある程度原因が推測できるログが残ってるので適宜対応してください。ドッキングに要する時間はリガンドの柔軟性、動かすアミノ酸残基の数、ドッキングのパラメーターに依存するようですがPCのスペックがクソでもそれなりに動きます。

学生時代にこれが使えればもっといろいろできたなあー